Akan tetapi apakah di tengah-tengah optimisme itu tidak terbersit kekhawatiran bahwa otonomi daerah juga akan menimbulkan beberapa persoalan.
Setelah sekian lama otonomi berlangsung yang antara lain ditandai dengan adanya diserahkanya berbagai urusan kepada daerah dan pemilihan kepala daerah secara langsung ada beberapa
permasalahan yang muncul, yaitu semakin maraknya penyebaran korupsi
diberbagai daerah, money politics, munculnya fenomena pragmatism politik
di masyarakat daerah, legitimasi politik dan stabilitas politik belum
sepenuhnya tercapai, adanya konflik horizontal dan konflik vertical, dan
kesejahteraan masyarakat ditingkat local belum sepenuhnya diwujudkan.
Nampak
adanya beberapa pertimbangan yang rumit dibalik pemberian otonomi pada
masyarakat Indonesia. Berbagai pertimbangan yang kompleks telah membawa
pelaksanaan otonomi daerah belum pernah berjalan tuntas. Gejala tersebut
dapat disebut dengan otonomi daerah setengah hati. Hal tersebut dapat
dicermati dengan seringnya berganti aturan UU yang menjadi dasar dalam
pelaksanaan pemerintahan daerah, ada lebih dari 15 UU yang pernah dibuat untuk mengatur masalah otonomi daerah.
Ada beberapa daerah yang merasa diberlakukan kurang adil oleh pemerintah pusat dan tidak pernah merasakan kemakmuran yang
akhirnya menimbulkan dinamika dan gejolak politik misalnya munculnya
Gerakan Aceh Merdeka, Republik Maluku Selatan, dan Organisasi Papua
Merdeka.